Латвийской Православной Церкви (Московский Патриархат), восстановлено в 1989 г. (см. Двинское викариатство Полоцкой епархии), названо по г. Даугавпилсу (до 1893 Динабург, до 1920 Двинск в Латвии).
В связи с преклонным возрастом митр. Рижского и Латвийского Леонида (Полякова; 8 окт. 1966 - 8 сент. 1990) по его ходатайству 6 июля 1989 г. постановлением Святейшего Патриарха Московского и всея Руси и Свящ. Синода определено архим. Александру (Кудряшову) быть епископом Даугавпилсским, викарием Рижской епархии. Хиротония состоялась 23 июля 1989 г. в московском Богоявленском соборе. Еп. Александр жил в Риге, занимался делами Рижской епархии, его кафедральным храмом стал рижский храм св. Иоанна Крестителя. 9 сент. 1990 г., после кончины митр. Леонида, еп. Александр стал временно управляющим Рижской и Латвийской кафедрой, 27 окт. был назначен епископом Рижским и Латвийским.
Затем более 15 лет Д. в. не замещалось. 19 июля 2006 г. решением Патриарха Московского и всея Руси Алексия II и Свящ. Синода Даугавпилсским епископом был назначен игум. Александр (Матрёнин), 21 июля возведенный в сан архимандрита. Наречение архим. Александра во епископа Даугавпилсского состоялось 17 авг. 2006 г., архиерейская хиротония - 19 авг. в храме Христа Спасителя в Москве.
Еп. Александр (Матрёнин) является помощником правящего митр. Рижского и всея Латвии Александра (Кудряшова), а также ответственным за приходы Латгалии (Вост. Латвия). В наст. время на территории 3 благочиний в Латгалии действуют ок. 60 храмов. Кафедральный храм еп. Александра - собор св. князей Бориса и Глеба в Даугавпилсе (построен в 1904-1905). В Даугавпилсе, 2-м по величине городе Латвии, 5 действующих правосл. храмов (в т. ч. Александро-Невский, построенный в 1998-2003 на месте разрушенного в советские годы Александро-Невского собора (1856-1864)), завершается восстановление 6-го храма - Успенского.
Помимо Борисоглебского собора еп. Александр совершает богослужения в др. храмах Даугавпилса, а также в Резекне, Лудзе и Зилупе, в сельских церквах Латгалии. Проводятся встречи с властями посещаемых городов и селений, с общественностью, учащимися и верующими. Появление викарного епископа в Латгалии оживило духовную жизнь края, способствует укреплению Православия, поднятию его авторитета среди местного инославного населения.
В наст. время на территории Латгалии существует ок. 60 старообрядческих моленных, большая часть которых принадлежит поморскому согласию. В Даугавпилсе действуют 6 поморских моленных (из них Новостроенская является 2-й в Латвии по величине после моленной рижской Гребенщиковской старообрядческой общины). Для кон. XX - нач. XXI в. характерен переход старообрядцев в Православие, что обусловлено авторитетностью Латвийской Православной Церкви, а также отсутствием в деревенских и сельских старообрядческих общинах духовных наставников.
12 февр. 2013 г. Синод Латвийской Православной Церкви принял решение ходатайствовать о преобразовании Даугавпилсского викариатства в самостоятельную епархию. В ответ на ходатайство, решением Свящ. Синода Русской Православной Церкви от 12 марта того же года викариатство было обращено в самостоятельную епархию, выделенную из состава Рижской в пределах Даугавпилсского, Балвского, Гулбенского, Екабпилсского, Краславского, Ливанского, Лудзенского, Мадонского, Прейльского и Резекненского исторических районов на востоке Латвии (в Латгалии).
Решением Свящ. Синода от 12 марта 2013 г. епископом Даугавпилсским и Резекненским назначен Александр (Матрёнин).
Епархия разделена на благочиннические округа: Мадонский, Резекненский, Даугавпилсский.
Действующие монастыри: Екабпилсский в честь Сошествия Святого Духа на апостолов мужской монастырь, основан в 1670 г., закрыт в 1866 г., возобновлен в 1994 г.